佩恩亲自为他的殖民地制定政府体制。每个自由民，不论财产和教会会员资格，都给予一张选票。所有的来者都给予绝对的宗教自由。在英国法律列举200项犯法行为可处以绞刑的时代，在这里，只有谋杀和重大的叛国罪才会被处以死刑。废除不同政见的监禁和债务的监禁，不存在种族歧视。
佩恩设立法庭。涉及印第安人的案件，陪审团必须由一半的红种人[156]组成。一个巫术的案件发生了，正如它很快就在马萨诸塞出现一样。但当这位老太婆供认她是女巫时，佩恩告诉她没有阻止她乘扫帚柄飞行的法律（除非是严重的问题），因此，他以一阵哄堂大笑消除这一案件。
佩恩建立起言论自由和信仰自由后，更加努力工作，以使免于匮乏的自由成为可能。他不停地苦干，以便使他的殖民地能够自给，而又以生活中最好的事物来充实。勤劳、熟练的工匠从欧洲的莱恩兰被带来，帮助宾夕法尼亚成为美国初期最有生产力的州。造船业、伐木业、谷类加工业和皮货交易突飞猛进。
所有的殖民地中，没有一个有比这儿更好的教育制度。佩恩最初操心的一件事是小学校舍。“威廉·佩恩特许学校”如今仍然存在。佩恩认为，穷人应该接受免费教育，富人应该支付学费。“问题不是你遗留给孩子们什么，”他坚持说道，“而是你怎样遗留给他们。”佩恩把他的希望寄托在年轻一代身上。他自己有15个孩子，第一个妻子生了8个，第二个妻子生了7个。他跟他的儿孙们在一起，无拘无束地嬉闹玩耍，令那些只知道他是贵格会教徒和上流社会的廷臣的人大吃一惊。