康熙皇帝极力反对各种增加商税的行为。如康熙二十一年(1682),两淮巡盐御史堪泰请求每斤盐加课银三钱，康熙皇帝批示：“若依其言，必致商民交困，不准行。”潼关税额原为七千多两，康熙十九年(1680)遣郎中敦多礼督征，收税银四万多两。康熙皇帝于二十一年(1682)谕令“数年以来，秦省兵民苦于转运，潼关税收依照旧额”,撤回税监。康熙二十五年(1686)六月，闽海税务督理吴什巴因到闽省看到贸易之人皆非土著，要求康熙皇帝批准按广东关榷一例“丈船抽税”,康熙皇帝批示：“凡收海税官员。因系创行设课，希图盈溢，将出入商民船只任意加征，以致病商累民，亦未可定。着严加申饬，务令恪遵定例，从公征收，无滥无苛，以副朕轸恤商民至意，所请不准行。”随后两淮盐课减征二十万两，并谕大学士等曰：“广东海关收税人员搜检商船货物，概行征税，以致商船稀少，关税缺额。且海船亦有自外国来者，如此琐屑，甚觉非体。着减税额三万二百八十五两。”
康熙皇帝还注意发挥商人的作用。康熙四十八年(1709)夏，户部议复：“浙江巡抚黄秉中等疏言，浙省宁波、绍兴二府人稠地窄，连年薄收，米价腾贵，台州、温州二府上年丰熟，米价颇贱，请给殷实商民印照，将台州、温州之米从内洋贩运入宁波、绍兴，令沿海防汛官兵验照放行，以浙省之米接济浙省之民，实有裨益，应如所请，从之。”