然而，由于儒家学说维护宗法制度的本质内涵从根本上适应封建统治者的需要，稍加改造就可以为其统治服务。于是儒家学派的后继者顺应时代潮流，继承了“儒”家思想精华的同时对其加以改造，使儒家不仅发展成为儒教，甚至一度成为实际上的中国国教。
继承和发展儒学的人物首推孟子。这位鲁国贵族后裔继承了孔子的天命思想和德治思想，并将其与政治联系到一起，即把“亲亲”、“尊尊”、“长长”的原则运用于政治，以此作为缓和阶级矛盾、维护封建统治的手段。他曾说：“天下之本在国，国之本在家，家之本在身。”这就是“修身，齐家，平天下”的渊源。可见，孟子的思想对后世的影响是很大的。
汉代的董仲舒在汉武帝的支持下，“罢黜百家，独尊儒术”。儒家不再与“百家”为伍，一跃成为主导意识形态。自此，儒教的哲学思想体系与中央集权封建宗法国家政体紧密结合，形成绵延数百年的汉学。汉末三国两晋南北朝时期，“三纲”、“五常”被儒教说成是万世不变的规范。宋明时期，儒教的思想学说积极配合中央集权的强化，这时兴起的程朱理学、陆王心学等儒教的新教义强调对统治者尽“愚忠”，对个人则要求“存天理，灭人欲”。这些学说一直影响到后来的中国社会，在很大程度上钳制了人们的思想，导致了近代中国的落后、挨打。有鉴于此，清末的民主志士激烈地反对儒教学说，以至于五四运动中新民主主义者提出“打倒孔家店”的口号。