第二步是编撰统一的《五经》义疏，对于南北经学作了一次大总结。
《五经》版本的统一，为下一步《五经》义疏的统一打下了基础。按理说，贞观七年《五经定本》颁行后，接着就该是经书注疏工作。但因故迟至贞观十二年，唐太宗针对当时“儒学多门，章句繁杂”的情况，命令新任国子祭酒孔颖达主编《五经》义疏。孔颖达深明《五经》,隋末与“名重海内”的经师刘焯辩难经义， “多出其意表”,说明孔氏对南北经学深有造诣。唐太宗任他为主笔，亦可谓知人。
唐初，由于沿续了南北经学的师承关系，造成了思想上和理论上的歧异，学校缺乏统一教材，科举缺乏统一答卷。所谓“师说多门”,显然不能适应唐初政治上统一的需要。统一南北经义与学风，也就成为文治的当务之急了。然而，义疏工作量比校刊《五经定本》大得多，所以，由孔颖达领衔外，辅之以颜师古、司马才章、王恭、王琰等名儒，参加者还有国子司业、助教，太学博士、助教以及四门博士、助教等，共计二十几人。