李经羲自督署逃往法领事馆避难，后经蔡锷派人把他护送出境；钟麟同与协统王振畿被起义军击毙，军事总参议靳云鹏化装潜逃。起义取得了胜利。云南各地，传檄而定。
由于当天是九月初九重阳节，故史称“重九起义”。
九月十一日，起义军民组织了“大中华国云南军都督府”，蔡锷被推为云南军都督。军都督府成立后，即向全省声明：起义“宗旨在铲除专制政体，建设良善国家，使汉、回、满、蒙、藏、夷、苗各族结合一体，维护共和，以期巩固民权，恢张国力”。
同时发布《讨满檄文》，重申同盟会的纲领。
为革新政治，蔡锷设置了军都督府政务会议，订于每星期三照例举行，由省直机关、省议会、参议处各派代表参加，讨论本省重大兴革事项。讨论决定后，由都督下令各单位限期办理。他还通知各单位，根据自身的力量和应办事务的轻重缓急，编制滇省五年政治大纲和办事程限表。这样，使“前清官吏敷衍因循之习，廓除殆尽”。