然而实践中，有的国家借卫生与动植物检疫之名，行限制进口、保护国内产业之实。比如有意提高检疫标准，利用该措施来阻止国外动植物产品进入本国市场，导致将卫生与动植物检疫措施演变成为一种具有隐蔽性的间接贸易壁垒。GATT1994和TBT协议中，没有对卫生与动植物检疫措施问题的专门规定。为消除成员方的这种不合理限制，乌拉圭回合谈判中达成了《实施卫生与动植物检疫措施协议》（Agreement on the Application of Sanitary and Phytosanitary Measures，简称SPS协议），该协议就动植物检疫措施问题对成员方提出具体要求。也可以说，SPS协议是GATT原则渗透到动植物检疫工作的产物。
（二）SPS协议的目标
SPS协议重申了不应阻止各成员采纳或实施为保护人类、动物或植物的生命或健康所必须的措施的原则，同时也强调，虽然实施动植物检疫制度是必需的，但此类检疫措施不应构成对国际贸易的变相限制，其对贸易的不利影响应降到最低程度。SPS协议在序言部分阐明了协议实施的目标，具体为：建立规则和纪律的多边框架，以指导动植物卫生检疫措施的制定、采用和实施，从而使其对贸易的消极作用降到最小；进一步推动各成员使用以有关国际组织所制定的国际标准、准则和建议为基础的统一的动植物卫生检疫措施，等等。