此后几年随着最后的一批老臣名将，或病死，或被朱元璋诛灭，边地地区的防务大权彻底落到了九大塞王的肩上，洪武二十九年（公元1396年）朱元璋最后一次组织北伐，这次是燕王朱棣单独领兵出征，目的比较明确，就是消灭在大宁（今内蒙古自治区宁城）一带活动的蒙古军队，因为此地离朱棣的封地近，就是他的菜了，与上次一样小胜蒙古军队，收编了一些蒙古人，燕王朱棣为此还得到了朱元璋的嘉奖，可见朱元璋此时的目的已经不再是彻底消灭残元势力了，而是有计划地扶持自己的儿子们。
4.洪武北征
纵观明太祖的八次北征，可以很明确的分为三个阶段。洪武初年的第一、第二次北征，目的简单明了，就是一鼓作气消灭北元，但在经历第二次北征的大败后，朱元璋意识到北元实力仍在，暂时啃不动，转而采取新的策略；从洪武中期开始，朱元璋外交、政治、军事等手段并用，并接连组织第三、第四、第五次北征，切断北元的外部支援，同时该时期出征的将领也从徐达等元老重臣，慢慢替换为蓝玉这样的开国武将，最终第六次北征蓝玉在捕鱼儿海大破北元，从此北元丧失了与明朝争夺正统性的实力；此后在洪武末年的两次北征中，朱元璋开始扶持自己的儿子们的作战能力，其北征的目的也转为积累塞王们的军事经验，以便更好镇守边疆，放弃了不靠谱的“永清沙漠”目标。