首先，必须选择在司法部门登记注册的鉴定机构。自《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》和司法部《司法鉴定机构登记管理办法》、《司法鉴定人登记管理办法》实施以来，各个地方都发布了本地方具备资质的鉴定机构名录。当事人一定要从中选择具备交通事故伤残鉴定资格的鉴定机构进行。尤其是要选择那些信誉卓著、办事公正的司法鉴定机构。这样的鉴定机构做出的鉴定结论，容易被对方当事人接受和被法院认可。
其次，最好选择在受诉法院有办公场所的鉴定机构。有的鉴定机构在当地没有办事机构，如果需要补充或者重新鉴定，或者需要鉴定人员进行解释或者出庭时，如果鉴定机构在异地，往往会造成不便。
再次，向公安交警部门申请伤残鉴定一定要三思而后行，因为公安交警部门一般会指定自己部门内部设立的鉴定中心来做鉴定，但是很多公安部门内部鉴定机构没有取得资质，拿着这样的鉴定报告到法院打官司是不会得到法官认可的，往往会导致败诉。