在冯保临走的时候，慈圣皇太后还不太清楚到底发生了什么事情，于是她问神宗为什么要这样对待冯保。而神宗说：“没有什么，只是老奴才受到了张居正的蛊惑。不过没关系，在不久之后我就会自行召回他的。”
慈圣皇太后还以为神宗仍然是以前那个听话的孩子，但是实际上他已经二十几岁，知道如何应付母亲的审问和要求了。对于神宗来说，张居正、冯保、慈圣皇太后，仅仅是一连串的控制噩梦，当一个噩梦被消除了之后，另外的梦境残影也将接连被消除，而神宗也终于决定要自己掌控自己的命运。于是，在张居正去世不久后，就连慈圣皇太后也遭到了神宗的冷落。
在对付完朝廷当中张居正的残余势力之后，神宗就又将目标转移到了已经去世的张居正身上。张居正的改革和所有还在实行的新法措施，都成为了神宗的目标。
张居正整顿驿递的时候，规定现任官员不得任意乘驿，这一禁令被取消；张居正原本用考成法控制六部的方式，而现在考成法也被取消；张居正在改革时裁掉了很多官员，而现在，过去被裁掉的官员一律都被恢复了原职；张居正严令不得广收学费，现在学费的收缴尺度也被放宽；张居正主张严守世宗的遗训，外戚册封的爵位不得世袭，而现在，不得世袭的禁令也被取消，世袭现象屡禁不止。总之，张居正在世时所采取的一切变法、改革措施，基本上都被神宗逐步地给取消和瓦解了。不仅如此，神宗还命辽王抄了张居正的家。